蛇口中學(xué)創(chuàng)建于1970年，開辦時(shí)定性為兩年制高中，當(dāng)時(shí)校舍尚無，租借灣廈村的一間倉(cāng)庫(kù)做為校舍，吳湛擔(dān)任校長(zhǎng)，有3名教師，他們是殷干勛、徐志華、鄭耀輝，開設(shè)一個(gè)班，有29名學(xué)生。
1971年3月由藍(lán)瑞景接任校長(zhǎng)，同年9月由伍福森接任校長(zhǎng)。
1972年，學(xué)校在兩年制高中的基礎(chǔ)上，增辦了兩年制初中，成為一所完全中學(xué)。依靠區(qū)教育局3000元和蛇口公社、灣廈大隊(duì)的2000元撥款，在蛇口圍仔山上（現(xiàn)中學(xué)部3號(hào)樓所在地）建了兩層小樓作為校舍。蛇口中學(xué)有了自己正式的校舍。梁萬華任主任，領(lǐng)導(dǎo)和教師共10人，學(xué)生人數(shù)增加到120名。
1974年，省教育廳撥款3萬元，建起禮堂和教工宿舍，學(xué)校辦學(xué)條件有了較大的改善。這一時(shí)期，學(xué)校開設(shè)了政治、語文、數(shù)學(xué)、英語、化學(xué)、農(nóng)基（現(xiàn)稱生物）、機(jī)電（現(xiàn)稱物理）、圖畫、音樂和體育。當(dāng)時(shí)還處在“文革”期間，學(xué)校貫徹毛主席的“以學(xué)為主，兼學(xué)別樣”的指示，努力開門辦學(xué)，勞動(dòng)的任務(wù)很重。學(xué)校有3個(gè)農(nóng)場(chǎng)，學(xué)生的大量時(shí)間和精力都用在植番薯、花生、甘蔗等農(nóng)作物上。
1976年“文化大革命”結(jié)束以后，學(xué)校揭開了新的篇章，學(xué)校的發(fā)展也步入了新的時(shí)期。
1979年，學(xué)校由四年制中學(xué)改辦成六年制中學(xué)。
1982年，省教育廳撥款20萬元，蛇口工業(yè)區(qū)撥款12萬元，修建了4層教學(xué)樓（現(xiàn)2號(hào)樓），校舍面積擴(kuò)大到2800平方米。教職工34名，初中開設(shè)4個(gè)班，高中開設(shè)2個(gè)班，在校學(xué)生人數(shù)增加到500多名。這一年為適應(yīng)職業(yè)技術(shù)教育發(fā)展的需要，學(xué)校大力落實(shí)興辦職業(yè)高中的政策，高中部改為電子職業(yè)高中。
1983年，曾彪明接任教導(dǎo)主任，曾貴堂任總務(wù)主任。
1984年，依靠教育局的撥款，建了一幢八層樓的教職工家屬宿舍。
1987年9月，由曾學(xué)智接任校長(zhǎng)。
1988年，高中部恢復(fù)為普通高中。
進(jìn)入80年代以后，學(xué)校全面貫徹黨的教育方針和政策，教學(xué)工作逐漸規(guī)范化，自覺地把提高教學(xué)質(zhì)量作為全校工作的重點(diǎn)，制定了一系列的規(guī)章制度，其中包括《蛇口中學(xué)獎(jiǎng)懲條例》，設(shè)立初三年級(jí)教學(xué)成果獎(jiǎng)等。正因?yàn)檫@樣，所以80年代學(xué)校歷屆的中考成績(jī)都在市里名列前茅。
進(jìn)入九十年代，學(xué)校規(guī)模迅速擴(kuò)大，發(fā)展到21個(gè)班，在校學(xué)生700多名，教工51人，校舍面積擴(kuò)大到4700平方米。
1992年，為滿足蛇口人民希望自己的孩子能參加全國(guó)統(tǒng)一高考進(jìn)入大學(xué)深造的愿望，應(yīng)社會(huì)各界要求，學(xué)校的職業(yè)高中改為三年制普高。蛇口中學(xué)成為蛇口地區(qū)當(dāng)時(shí)唯一由政府投資辦學(xué)的完全中學(xué)。同年9月，鄭耀輝接任蛇口中學(xué)校長(zhǎng)。
1995年，蛇口中學(xué)通過“南山區(qū)一級(jí)”學(xué)校評(píng)估。1995年8月，吳聲洛接任校長(zhǎng)。
1997年，學(xué)校首次榮獲“深圳市辦學(xué)效益獎(jiǎng)”。
1998年，陳木昭接任校長(zhǎng)。
2000年，學(xué)校通過“深圳市一級(jí)學(xué)�！痹u(píng)估，共有初高中六個(gè)年級(jí)共33個(gè)班，在校學(xué)生1300多名，教工132名。校舍面積達(dá)11497平方米。2000年8月，南山區(qū)政府、教育局調(diào)整區(qū)教育格局將初高中分離辦學(xué)，學(xué)校從2000年秋季開始停招高中生，由完全中學(xué)過渡到初級(jí)中學(xué)。
2001年，學(xué)校班級(jí)達(dá)36個(gè)，創(chuàng)建校以來班級(jí)數(shù)最高峰，其中初一10個(gè)班，初二、初三各8個(gè)班，高二、高三各4個(gè)班，在校學(xué)生1400多人。
2002年，學(xué)校再次榮獲“深圳市辦學(xué)效益獎(jiǎng)”。
2003年8月，蛇口中學(xué)與蛇口小學(xué)合并成立九年一貫制的蛇口學(xué)校。中學(xué)部共有30個(gè)教學(xué)班，七、八、九年級(jí)各10個(gè)班，在校學(xué)生1250人，正調(diào)教師102人。李勝彰任校長(zhǎng)，鄭耀輝任書記。2003年12月，蛇口學(xué)校中學(xué)部通過廣東省一級(jí)學(xué)校評(píng)估。