沈鯉，字仲化，歸德人。嘉靖年間鄉(xiāng)試中舉。師尚詔叛亂，攻占?xì)w德，不久向西逃去。沈鯉估計(jì)賊民一定會再來，急忙告訴駐守大臣，捕殺城中與賊民勾結(jié)的人，嚴(yán)加防守。賊民返回，逼近城池，看見有了防備，便離去了。嘉靖四十四年，考中進(jìn)士，改任庶吉士，授職為檢討。大學(xué)士高拱，是他的主考官和同鄉(xiāng)，未曾因私事拜訪。

　　神宗在東宮的時候，沈鯉任講官，神宗曾經(jīng)指令諸位講官在扇子上書寫文字。沈鯉書寫了魏卞蘭的《太子頌》進(jìn)奉，神宗于是要他講清大義，沈鯉講得非常完備。神宗贊美他，于是他蒙受寵愛。等到神宗即位，因?yàn)樵跂|宮任幕僚的恩惠，晉升為編修。很快又晉升為左贊善。每次秉直講授，舉止端莊雅正，陳說的事情獨(dú)合皇帝的心意。皇帝極為稱賞他。他的父母接連去世，皇帝多次詢問沈講官在哪里，又詢問服喪期滿了沒有，指令讓他先補(bǔ)任講官。萬歷九年，返回朝廷。

　　第二年秋天，晉升為侍講學(xué)士，又升遷為禮部右侍郎。不久改任吏部職，升任左侍郎。沈鯉斷絕私人的交往，喜好推舉賢士，不使人知曉。萬歷十二年冬季，被任命為禮部尚書。沈鯉起初做翰林官時，宦官黃錦因?yàn)槭撬�同鄉(xiāng)送禮給他，他拒不接收。教導(dǎo)于內(nèi)書堂，侍講經(jīng)筵，都多次與大宦官接觸，未曾同他們交往。等到沈鯉官階更高，更加不需要借助他們的勢力，即使皇帝的命令以及政府的意圖，他也不會輕易順從。

　　沈鯉一向正直、光明。他在禮部主持典禮，有許多建議。考慮到時俗的侈靡，考察先朝的典禮制度，在喪祭、冠婚、宮室、器服方面全都確定標(biāo)準(zhǔn)，頒布全國。神宗擔(dān)憂旱災(zāi)，步行到郊外的祭壇祈禱，議論分別派遣大臣到全國的名山大川祈禱。沈鯉勸諫說使臣往來滋擾地方，恐怕又加重百姓負(fù)擔(dān)，奏請皇帝齋戒三日，用文告授予太常負(fù)責(zé)此事，罷除寺觀的祈禱，神宗大都同意了他的奏疏。起初，藩府有事奏請，賄賂得勢的宦官為內(nèi)援，禮部大臣不敢違背，總是滿足他們的想法。到了沈鯉執(zhí)政時，一概革除。得勢的宦官都很怨恨，多次借事端在皇帝面前挑撥�；实蹪u漸不能沒有猜疑，多次責(zé)問沈鯉，并剝奪了他的俸祿。沈鯉從此有了辭退的想法。而且申時行懷恨沈鯉不依附自己，也忌恨他。沈鯉遇事秉正不屈服。被沈一貫壓抑，志向得不到全面實(shí)現(xiàn)。而此時沈一貫多次被非議，稱病閉戶，沈鯉才得以處理內(nèi)閣事務(wù)。云南的武弁殺了稅使楊榮，皇帝很惱怒，準(zhǔn)備派遣官員將他們逮捕懲治。沈鯉詳細(xì)陳述了楊榮的罪狀，請求誅殺帶頭殺楊榮的人，而寬免其他的人，于是果然沒有廣泛拘捕。當(dāng)時沈一貫雖然稱病閉門在家，而奏章大多送到家中由他擬旨，沈鯉極力陳說這沒有先例。

　　沈鯉已經(jīng)與沈一貫積怨，沈一貫即將離職，顧慮沈鯉在職，給自己留下后顧之憂，想與他一起離開內(nèi)閣，暗中活動使他離職。神宗也嫌沈鯉剛正，趁著沈鯉請求退休，于是指令他與沈一貫一起退休。朱賡上奏請求挽留沈鯉，沒有答復(fù)。抵家后，沈鯉上書答謝，仍然極力陳述懈怠政務(wù)的弊端。他八十歲時，神宗派官去探視慰問，賞給他銀兩。沈鯉上書答謝，又陳述當(dāng)時政治的要務(wù)。又過了五年沈鯉去世，享年八十五歲。贈封為太師，謚號文端。